Das ist eine gute Frage, mit der ich auch gerechnet habe
Eine verbindliche Regelung zur praktischen Handhabung ist mir nicht bekannt. Ich denke, man macht nichts falsch, wenn man den prozentualen Anteil der gesamten Marge des Umsatzgeschäfts auf die Anzahlung anwendet.
Beispiel:
Ankaufspreis: 20.000 Euro
Verkaufspreis: 25.000 Euro
Marge demzufolge 5.000 Euro, entspricht 20 % des Verkaufspreises
Anzahlung: 1.000 Euro, davon 20 % anteilige Marge als Brutto-BMG
Dieses Vorgehen entspräche zumindest einem EuGH-Urteil zu Anzahlungen für Reiseleistungen, für die es auch eine Differenzbesteuerung gibt.